Pelin juoni
Neljännestä ninjasodasta on kulunut 18 vuotta. Sodan jälkimainingeissa Jinai Ryuu (foorumilla oleva hahmo) perusti Hebigakuren kylän, valloittamalla alaisineen Konohan hallinnassa olleen Jiro-saaren. Sota Hebigakuren kanssa näytti olevan lähes mahdoton välttää, mutta koolle kutsutun kagekokouksen päätöksellä uusi kylä päätettiin kuitenkin jättää rauhaan ja se hyväksyttiin pieneksi ninjavaltioksi. Tämän kagekokouksen jälkeen isojen valtioiden välille laskeutui rauha ja myös pienet valtiot saivat nauttia rauhanajasta kun isot eivät olleet enää käyttämässä niiden maita taistelukenttinä. Ainoastaan Otogakuren kylä ajautui sisällissotaan neljän eri ryhmittymän välillä, sen jälkeen kun Orochimaru jätti kylän ja vetäytyi Iwagakuren vuoristoihin jatkaakseen tutkimuksiaan rauhassa.
18 vuotta kestänyt rauha kuitenkin rikkoutui kun kolmas Tsuchikage, Onoki löydettiin kuolleena toimistostaan. Neljänneksi Tsuchikageksi valittiin Mirithi joka epäili edeltäjänsä kuolemassa olleen jotain hämärää. Kun tapausta alettiin tutkia, ilmeni että kolmas Tsuchikage oli myrkytetty ja jäljet viittasivat vahvasti Kumogakuren olevan murhan takana. Nyt Iwagakuren ja Kumogakuren välien kiristyessä, maailma on vaarassa ajautua jälleen ninjasotaa edeltävään aikaan, jolloin valtiot aktiivisesti kilpailivat keskenään. Iwagakuressa radikaaleimmat ovat jopa ehdottaneet yhden häntäpedon nappaamista uudelleen, jotta kylään saataisiin jinchuuriki, jota käyttää aseena Kumogakurea vastaan.
Konohan Hokagen, Uzumaki Naruton tehdessä kaikkensa estääkseen Iwagakurea ja Kumogakurea ajautumasta sotaan, Mikaboshiksi itseään nimittävä ryhmä punoo varjoissa juoniaan, kaataakseen seuraavaksi Konohan johtajat...